영화의 시작은 전작(본 슈프리머시)의 엔딩에서 이야기가 이어진다. 전작의 배경이었던 모스크바에서의 '본'(맷 데이먼)의 모습과 함께 시작된다. 전작에서 '네스키'의 딸을 만났던 본은 경찰들에게 추적을 당하게 된다. '본'은 6주 동안 은둔생활을 하면서 상처를 치료한다. 전작(본 슈프리머시)에서 등장한 '파멜라 랜디'(조안 알렌)도 또다시 등장한다. CIA 회의에서 국장 '에즈라 크레이머'(스캇 글렌)에게 '워드 애보트'의 자백의 녹음을 들려준다. 또한, 전작에서 일어난 사건들에 대한 진실을 알려준다. 파멜라 랜디'는 '본'이 모스크바에서 '네스키'의 딸을 만나고 나서 종적을 감추었음을 보고한다. '본'의 행적을 봤을 때 단순히 '본' 자신의 과거 기억을 찾기 위한 움직임으로 보인다고 자신의 의견을 피력한..
