때는 2035년이다. 영화의 시작은 어떤 사람이 꿈꾸는 장면이다. 그 꿈의 상세한 내용은 영화가 끝나갈 즈음에 알게 된다. 갑작스러운 바이러스의 창궐에 의해 인류 대부분이 죽었다. 운 좋게 살아남은 소수의 사람들은 지하로 삶의 터전을 옮겨 살고 있다. 지하세계의 사람들은 다시 지상으로 나갈 방법을 찾기 위해 연구한다. 지상 정찰을 위해 일반 사람이 아닌 죄수들 중에서 선발된 사람을 보낸다. 일종의 실험용인 것이다. 어느 날, 죄수 중 '제임스 콜'(브루스 윌리스)이 뽑혀 지상 정찰을 하게 된다. 지상 상황을 살펴보던 중 '제임스 콜'은 '12 몽키즈'란 단체의 표식을 보게 된다. 지상 탐험을 마치고 지하세계로 돌아온 '제임스'에게 새로운 임무를 맡긴다. 1996년에 바이러스가 창궐하게 되었는데, 제임스를..